复杂且混乱的层级关系
网站导航结构优化不应该是复杂且混乱的层级关系。当网站的导航层级过多时，用户很容易迷失方向。比如一个电商网站，如果将商品分类嵌套在过多的子菜单之下，用户可能需要点击多次才能找到自己想要的商品。这不仅增加了用户的操作成本，还可能导致用户的耐心耗尽而放弃浏览。从搜索引擎的角度来看，过深的层级关系也不利于搜索引擎爬虫的抓取。搜索引擎爬虫在有限的时间和资源下，可能无法深入到很深的层级去索引页面内容，从而影响页面的收录和排名。
另外，混乱的层级关系可能会使同一类别的内容分散在不同的层级和菜单中。例如，一个关于旅游攻略的网站，将某个地区的美食攻略放在与景点攻略完全不同且层级复杂的菜单下，这会让用户难以理解网站的逻辑结构，同时也不利于搜索引擎判断内容的相关性。
缺乏一致性
网站导航结构优化不应缺乏一致性。这包括导航的命名、风格以及功能上的不一致。在命名方面，如果不同页面的导航菜单名称不统一，用户会感到困惑。例如，一个页面的导航菜单中有“产品中心”，而在另一个页面却变成了“商品列表”，这会让用户怀疑自己是否还在同一个网站的同一板块。风格上的不一致同样会影响用户体验，如某些页面的导航是水平布局，而其他页面是垂直布局，这会给用户带来突兀的感觉。
从功能角度看，一致性也非常重要。如果在某些页面导航菜单中的链接是可点击的，而在其他页面相同位置的相似元素却是不可点击的装饰性元素，这会让用户产生混淆，降低用户对网站的信任度。这种缺乏一致性的导航结构对于搜索引擎来说也难以理解网站的整体架构，不利于优化。
不考虑用户需求的布局
网站导航结构优化不应是不考虑用户需求的布局。很多网站的导航结构是按照网站所有者的内部逻辑或者单纯的美观来设计的，而忽略了用户真正想要寻找内容的方式。例如，一个新闻网站如果将热点新闻放在导航的二级菜单深处，而将一些很少有人关注的机构介绍放在显眼的一级菜单位置，这就是不合理的布局。用户访问新闻网站通常是为了快速获取最新的新闻资讯，这样的布局会让用户难以找到自己想要的内容。
同时，没有考虑用户搜索习惯的导航结构也是不可取的。例如，对于一个在线教育网站，大部分用户可能是通过搜索课程名称来寻找资源，那么导航结构中就应该突出课程分类或者搜索功能，如果导航结构只是按照教育机构内部的行政部门来划分，如将教学管理部门等作为主要导航项，就无法满足用户的实际需求。
过度依赖JavaScript或Flash
网站导航结构优化不应过度依赖JavaScript或Flash。虽然JavaScript和Flash可以制作出非常炫酷的导航效果，但它们存在很多弊端。首先，部分搜索引擎爬虫对JavaScript和Flash内容的解析能力有限。这意味着如果导航完全基于这些技术，搜索引擎可能无法正确识别导航链接和内容结构，从而影响网站的搜索引擎优化效果。
从用户体验方面来看，不是所有的用户设备都能完美支持JavaScript或Flash。例如，一些移动设备可能因为性能或兼容性问题，无法正常显示基于JavaScript或Flash的导航，这就会导致用户无法正常浏览网站内容，影响用户对网站的访问和留存。
